İlk serinin bittiği yerden devam eden Aria the Natural’da; Akari Mizunashi, diğer iki rakip şirket Aika ve Alice’ten dostları ile birlikte, bir Undine olabilmek için eğitimine devam eder. Nefes kesici bir manzarası olan, sessiz ve huzurlu şehir Neo Venezia’da yeni insanlarla tanışacak ve gizemli maceralara atılacaklardır.