SSSS olaylarının üzerinden bir yıl geçti. Dünya barış içindedir ve Rikka ve Utsumi dışında kimse kaiju, Gridman veya Akane Shinjou'yu hatırlamaz. Buna, Gridman'ın ev sahibi olarak hizmet etmesine rağmen hayatının en önemli anlarına dair hiçbir anısı olmayan Yuuta da dahildir. Bu yüzden yeni bir Kaiju ortaya çıktığında, Gridman ile bir kez daha birleşerek kendisinin de kahraman olabileceğini kanıtlama şansını yakalar.