Yıl 5012, oldukça uzak bir gelecek. Dünya'nın Uzaylılar ve yarattıkları Makine Yaşam Formları tarafından ani istilası, insanlığı yok olmanın eşiğine getirdi. Ay'a sığınan insanlardan hayatta kalanlar, Dünya'yı yeniden ele geçirmek için android askerleri kullanarak bir karşı saldırı düzenlediler. Ancak, Makine Yaşam Formları sonsuz bir şekilde çoğalmaya devam ettikçe savaş çıkmaza girer. Buna karşılık, insanlık nihai bir silah olarak yeni bir android asker birimi konuşlandırır: YoRHa. Dünya'ya yeni gönderilen 2B adlı android halihazırda Dünya'da bulunan 9S'e katılır ve görevleri sırasında sayısız gizemli fenomenle karşılaşırlar.