Bir gün bir şehir aniden yok olur. Paralı ajan, yalnız kurt Takuya yok oluştan kurtulan son kişi Yuki'yle tanışır. İkisi Yuki'nin kaybolduğuna inanılan babasının bıraktığı mektubun izinde artık Kayıp olarak adlandırılan şehre doğru yola çıkarlar. Ancak önlerinde beklenmedik engeller vardır ve bu gerçek Yuki'yi şok eder. Geride kalanların, gizemli organizasyonların ve gizli komploların düşünceleri, Kayıp'ın gizemine yaklaşan Yuki ve Takuya'yı beklemektedir.