Tatsumiyajima, Japon denizinde dünyanın geri kalanında çok uzakta kalan ufak ve barışçıl bir adadır. Ada sakinleri hayatları boyunca adada kalacaklarını düşünmekte, ve dış dünyayı hiç ilgi göstermemektedirler. Oysa ki, dışarıda ölümüne br mücadele sürmektedir ve insanlık büyük tehdit altındadır. Ä°nsanlığın son silahı bu ufak adada bulunan bir makinadır: Fafner. Adanın gençleri huzurlu hayatlarının bir anda değişmesiyle şaşkına dönecekler ve daha ne olduğunu ile anlamadan kendilerini savaşın içince bulacaklardır.