Date Kyosuke, bir katedralde annesi tarafından kalbinden bıçaklanır. Ölmüş olması gereken Kyosuke, mezarından gizemli bir kız tarafından çıkarıldığında hala yaşamaktadır. Kendini Hospital ve Kirihara denen iki grubun arasındaki savaşta bulan Kyosuke, aynı zamanda kendi ile ilgili gerçekleri ve annesinin kendisini neden öldürmeye çalıştığını öğrenmeye çabalar. 17 yıl önce Ay Ãœssü''nde bir virüs, bütün insanları kırıp geçirmiş ve hayatta kalanlar da değişim geçirip mutant haline gelmişlerdir. Bu mutantlardan ikisinin evliliğinden ikiz kardeşler doğar: Kyosuke ve Runa. Kyosuke, bir ikiz kız kardeşi olduğunu yeni öğrenir ve onu aramaya başlar. Bu süreçte kız kardeşi sandıklarının aslında onun ruhunun birer parçasını taşıyan Flicker’lar olduklarını öğrenir. Aynı zamanda Hospital ve Kirihawa organizasyonları da bu flickerların peşindedir. Mücadele sırasında içindeki güç uyanan Kyosuke, en güçlü mutant halini alır.